Nel presbiterio, l’altare maggiore è del 1684, opera di maestri veneziani. L’attuale tabernacolo a forma di tempietto è del 1921. Nella volta del presbiterio è affrescata la Vergine Maria “Assunta ai piedi della Trinità”, opera di Lorenzo Bianchini risalente al 1870. Nel 1884 vennero fatti ritocchi e aggiunta la parte ornamentale. Inoltre venne allargata la finestra circolare dietro all’altare.
Gli altari laterali sono del 1687 sempre di origine veneziana. Sull’altare di destra, si vede la pala con S. Antonio e S. Vito sotto i tre angeli di cui uno con calice e ostia in mano. Opera eseguita da Francesco Chiarottini nel 1767. A sinistra l’altare della Santissima Trinità con S. Gregorio e S. Girolamo, di autore incerto.
Già nel 1625 il Patriarca d’Aquileia Antonio Grimani in visita al santuario si meravigliò della quantità di immagini e segni appesi alle pareti. Purtroppo lungo i secoli questi segni di riconoscenza alla Vergine sono stati oggetto anche di furti e rapine. Il più importante ex-voto giunto fino a noi è quello offerto dalla città di Gemona del Friuli nel 1576. Venne commissionato in seguito alla liberazione della città dalla peste e realizzato in argento dal bellunese Giovanni Battista Paduan. Sulle pareti della navata centrale del santuario si possono ammirare gli ex-voto più antichi, in genere dipinti su tavola.
È la parte più antica del santuario e primo luogo di culto. Originariamente di modeste dimensioni, venne ampliata nel 1954 fino alla seconda arcata, e nel 1962 fino a raggiungere l'attuale ampiezza.
Nel corso dei lavori di ampliamento, al livello delle seconde colonne e a circa mezza altezza fra il pavimento e il soffitto, furono scoperti due vani pavimentati in ‘cocciopesto’, risalenti all’epoca romana e comunque non posteriori al secolo VI. Su questi ritrovamenti si fondano le ipotesi sull’antica origine del santuario che già la tradizione e varie ipotesi storiche facevano risalire ai secoli V e VI. In cripta sono presenti resti della pavimentazione romana e frammenti di granate che colpirono il santuario durante la seconda guerra mondiale e che costrinsero i frati con gli abitanti del borgo a rifugiarvisi.
Gli affreschi della cripta sembrano attribuibili a Giovanni da Udine. Sulle pareti sono ancora visibili scritte di antichi pellegrini. La più antica è: ‘1559 – Gaspar Belinus’, ma molte altre sono ben visibili.
Quando e perché la cripta sia stata dedicata a S. Michele Arcangelo è difficile stabilirlo. Si sa che fu un angelo particolarmente caro alla fede dei Longobardi. Il gruppo ligneo "S. Michele Arcangelo che schiaccia il Diavolo" è del 1963: riproduce un identico gruppo esistente da secoli e più volte rifatto.
